脑科学研究院是复旦大学全校性的神经科学研究实体机构、教育部“985工程”二期重点建设的科技创新平台之一。研究院于2006年4月成立，首任院长为杨雄里院士，现任院长为马兰教授、学术委员会主任为杨雄里院士。

　　脑科学研究院的总体定位是：以国家中长期科学技术发展规划为指针，根据国家发展重大需求和脑科学发展前沿，围绕脑功能和脑重要疾病，凝炼研究方向，开展基础以及与医学结合的应用基础研究；充分发挥校内神经科学人才的作用，整合复旦大学脑科学研究力量，大力加强人才引进，充分发挥我校综合学科的优势，优化学科布局，强调与医学的紧密结合，并重视与其它学科的交叉。主要研究方向是：神经活动基本过程、脑的高级认知功能、神经系统重要疾病机制和防治。

　　脑科学研究院现有18个研究组，研究人员中包括中国科学院院士1人、教育部“长江学者奖励计划”特聘教授和复旦大学特聘教授7人，国家杰出青年基金获得者3人、教育部跨世纪人才或浦江人才基金获得者5人，研究院拥有基金委创新研究群体、教育部创新团队、上海市浦江人才团队各1个。

　　脑科学研究院研究人员目前主持一系列重大科研项目，包括科技部“973”、“863”计划项目，国家自然科学基金委重大、重点项目以及其它省部级重大重点等项目多项。近年来，研究院研究人员在基础和临床神经科学研究中取得了若干重大的成果，一批以我院研究人员为通讯作者的论文在Journal of Neuroscience等有较高影响力的SCI杂志上发表，研究成果获得国家自然科学二等奖和省部级科技进步一等奖等多项奖励。

　　脑科学研究院围绕主攻研究方向，建设了脑功能和脑重要疾病研究必需的实验基础设施、先进仪器设备和技术共享体系。其中“神经分子行为与神经细胞功能实时检测和成像”公共技术平台已建成开放，与学校实验动物部共建的“脑疾病动物模型与行为神经科学”公共技术平台的主要设备已先后到位，待学校实验动物大楼交付使用后即可安装投入运行。

　　脑科学研究院依托生命科学学院和上海医学院，在神经生物学、生物物理学、药理学、中西医结合基础、神经病学、眼科学、外科学等专业招收研究生。2006年迄今培养博士71名、硕士29名、博士后9名。有1人获全国优秀博士学位论文、1人获上海市优秀博士学位论文、1人获全国优秀博士后，多名导师获得优秀研究生导师称号。